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神戸のサクセスファン行政書士事務所

MS法人の具体例|どんな会社が何をする?業務の流れと設立前の注意点

「MS法人を作るとよいと聞いたけれど、具体的に何をする会社なのか」。医療法人化やクリニックの経営を考えるとき、まず知りたいのは、会社の名前よりも実際の仕事ではないでしょうか。

MS法人は、医療機関を支える物品・サービスなどを扱う会社の通称です。

たとえば、建物の賃貸、消耗品の調達、清掃、事務支援などを行う形が考えられます。以下の4例は、仕組みを説明するための架空例です。実在企業の事例や当事務所の実績を紹介するものではありません。

どの業務も、会社を作れば無条件でできるという意味ではなく、契約内容や必要な許認可を個別に確認する必要があります。

医療法人とMS法人、一人医師医療法人の位置づけを先に知りたい方は、医療法人とMS法人の違いをご覧ください。

医療法人とMS法人の違い|一人医師医療法人・診療所との関係

医療法人・一人医師医療法人・MS法人・診療所の違いを全国の制度から整理。法人化と会社設立の違い、非営利性、役員の兼務や取引の確認事項を、国の取扱いと自治体の運用例に分けて解説します。

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ここがポイント

MS法人は、建物・物品・清掃・事務などの周辺業務を支える会社の通称です。

医療機関との役割、実際の仕事、料金の根拠を明らかにしておきましょう。

許認可、役員の兼務、個人情報の扱いは、会社を設立する前に確認します。

MS法人に任せたい仕事と、現在の診療所の形をお知らせください。予定する業務に必要な手続きと相談先を確認してご案内します。

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MS法人はどんな会社?

MS法人は「メディカルサービス法人」とも呼ばれますが、医療法で定められた医療法人の種類ではありません。株式会社など、医療機関と取引し、周辺の仕事を行う営利法人を指す呼び方です。個人開設の診療所を支える会社も考えられます。ここでは医療法人との取引を中心に説明します。

医療法人が診療所を開設・運営し、MS法人が別の契約で建物や事務サービスを提供する、という形が一例です。MS法人設立は診療所の開設許可や医療法人の設立認可の代わりになりません。会社の契約が医療機関の経営を実質的に左右することがないかも大切な確認点です。

参考:厚生労働省・医療機関の開設者と非営利性の確認通知

MS法人の具体例から、任せる業務と注意点を確認する

具体例1:クリニックの建物や設備を貸す会社

どんな仕事?

例えば、MS法人が所有する診療所用の建物を、医療法人に賃貸します。MS法人は建物の維持管理を担当し、医療法人は契約に従い賃料を支払って診療所として使用します。医療法人がその施設で診療を行い、MS法人は賃貸事業の対価を受け取る形です。

医療機器を貸す場合は、建物の賃貸とは別に、具体例2で触れる品目ごとの販売・貸与の手続きも確認します。

始める前に確認したいこと

  • 所有者・貸主・借主を整理し、賃貸の範囲、期間、修繕費や更新時の負担を契約書に記載する。
  • 周辺の賃料、建物の状態、設備や管理の範囲を踏まえ、賃料の根拠を残す。建物と土地では税務上の扱いも異なるため、税理士に確認する。
  • 医療法人の役員等と会社側に関係がある場合は、兼務の可否、利益相反の手続き、関係事業者取引の報告を確認する。

建物の賃料が周辺相場から見て不当に高いなど、実態に合わない支払いは、医療法人の剰余金配当禁止に抵触する問題になり得ます。賃料を決める前に資料を集めることが重要です。参考:厚生労働省・医療法人とMS法人の関係に関する資料

具体例2:診療所で使う消耗品を調達・販売する会社

どんな仕事?

例えば、MS法人が取引先から診療所用の事務用品や衛生用品を仕入れ、在庫を管理して医療法人に販売します。医療法人が必要な数量を注文し、MS法人が納品、請求する流れです。複数の施設の発注をまとめ、在庫や納期を管理する形も考えられます。

始める前に確認したいこと

  • 何を誰から仕入れ、誰が所有し、どの施設にいくらで販売するかを整理する。仕入れ価格、運搬・在庫管理費、販売価格の根拠を残す。
  • 医薬品や医療機器を扱う場合は、品目・販売か貸与か・取引先などによって許可や届出が必要になることがある。一般の事務用品と同じ扱いと決めず、所在地の薬務担当に事前相談する。
  • 医療法人に必要な商品を実際に納め、納品書や請求書を保存する。会社を経由するだけで実際の仕事がない取引にしない。

医薬品販売業には卸売販売業などの区分があります。医薬品販売業の許可ガイドで取引先に合う区分を確認できます。医療機器にも品目に応じた販売・貸与の手続きがあります。参考:兵庫県・薬局、医薬品販売業等の許可・届出

医療機器販売・貸与ガイド|許可・届出・管理者の確認方法

医療機器販売・貸与ガイド|許可・届出・管理者の確認方法。全国共通の制度と、所在地ごとに確認する手続き・必要書類・相談先を整理します。地域の受付運用は例として区別し、申請準備の迷いを解消します。

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具体例3:清掃やリネン管理を請け負う会社

どんな仕事?

例えば、診療時間外に待合室や事務室を清掃し、使用したシーツの回収・納品を管理する会社です。医療法人とMS法人が作業場所、頻度、範囲を決め、MS法人が自社の担当者を手配して作業します。医療法人は作業内容に応じた委託料を支払います。

始める前に確認したいこと

  • 清掃区域、作業回数、使用する資材、感染防止対策、実施記録、事故時の連絡先を具体的に決める。
  • 誰がスタッフを雇用し、勤務時間や作業方法を指示するかを明確にする。医療法人がMS法人の従業員に直接指揮命令する実態なら、契約名が「業務委託」でも労働者派遣に当たる場合がある。
  • 診療に使う施設の清掃や患者用寝具の洗濯など、法令の対象となる業務を委託する場合は、業務に応じた委託先の基準を確認する。適用範囲や条件は施設・業務ごとに所管の医務担当へ相談する。

参考:厚生労働省・病院、診療所等の業務委託について

単に「スタッフを置く」契約とせず、仕事の範囲と責任を決めましょう。請負・委託か派遣かは契約書の名称ではなく、実際の働き方で判断されます。参考:東京労働局・偽装請負について

具体例4:事務やホームページを支援する会社

どんな仕事?

例えば、MS法人が診療所のホームページの更新、備品発注、採用に関する書類整理や面接日程の調整を担当します。医療法人は更新内容などを確認し、MS法人は契約した作業を実施して委託料を受け取ります。診療方針や患者への医学的判断は、医療機関側の責任で行います。

始める前に確認したいこと

  • 更新回数、原稿の作成者、最終確認者、成果物、月額料金に含む作業を明確にする。医療広告に該当する内容は、掲載前に厚生労働省の医療広告の案内で規制や指針を確認する。
  • レセプト事務など患者情報に触れる業務では、必要な情報に限った権限設定、秘密保持、再委託、事故時の連絡方法を定め、委託先の取扱いを継続的に監督する。
  • スタッフを常駐させ、診療所側が日々直接指示する場合は、労働者派遣に該当しないか実態を確認する。派遣事業の許可も確認する。病院・診療所などでの医師・看護師等による一定の医療関係業務への派遣は、例外を除き原則禁止されている。事務業務も含め、予定する業務の可否を労働局へ確認する。

参考:個人情報保護委員会・医療・介護関係事業者における個人情報のガイダンス、宮城労働局・労働者派遣事業の運営ルール

行政書士 小野馨
おのっちの一言
患者情報を扱う仕事をMS法人へ委託するなら、契約が終わった後のデータの返却・消去まで決めておきましょう。

秘密保持の約束だけでなく、再委託の扱いや、契約どおり管理されているかを定期的に確かめる方法も大切です。

医療機関には、委託先への必要かつ適切な監督が求められます。
参考:個人情報保護委員会・医療介護ガイダンス

設立前に共通して確認したい5つのこと

1. 本当に必要な仕事があるか

最初に、現在困っていること、担当者、作業量、外部の既存業者に依頼した場合の費用を書き出します。別会社を設立せず、現在の取引先に依頼するほうが適切なケースもあります。設立後の会計、申告、契約管理などの負担も比較しましょう。

2. 値段と仕事の実態を説明できるか

業務内容、担当者、作業記録、納品物、比較見積り、価格の計算根拠を残します。契約書を作るだけでなく、実際に仕事が行われていることと対価の妥当性が大切です。医療法人から会社への過大な支払いは、実質的な利益配当の問題を生じさせることがあります。

3. 役員の兼務や利益相反の対象になるか

国の通知(2012年3月30日改正)では、医療機関の開設法人の役員や管理者について、開設・経営上利害関係のある営利法人等の役職員との兼務は原則として認めず、条件を満たす場合に例外を設けています。

対象者、代表者かどうか、取引の内容などによって例外の条件が異なるため、「家族の会社だから兼務できる」「少額なら必ず認められる」と自己判断せず、所管自治体に確認します。

地域例として、兵庫県の設立Q&Aは、取引関係のあるMS法人の役職員を医療法人の役員にできないと案内しています。地域によって取扱いを一律に決めつけず、双方の役職や契約案を示して相談しましょう。

また、取引内容と理事の立場によっては利益相反取引の承認手続きが必要です。該当性や決議方法を確認し、議事録を残します。参考:兵庫県・一人医師医療法人設立Q&A No.17、厚生労働省・開設者と非営利性の確認通知、厚生労働省・医療法人の機関について

4. 関係事業者の報告に当たるか

医療法人の役員やその近親者が代表者である会社などとの取引は、相手方の関係や取引の種類・金額により、関係事業者との取引状況の報告対象となります。すべてのMS法人との取引が自動的に対象となるわけではありません。

対象・基準・例外を確認し、必要なときは会計年度終了後3か月以内に所管の都道府県へ届け出ます。医療法第52条もあわせて確認してください。

報告対象でない少額取引でも、価格や実態の妥当性を確認する必要は変わりません。参考:厚生労働省・医療法人の計算に関する事項

医療法人側の決算届と提出準備は、次のガイドで整理できます。

医療法人の決算届・経営情報報告|期限とMCDB提出の準備

医療法人の決算届と経営情報報告の違い、期限、必要資料、監査・承認、MCDB提出を解説。全国共通の制度と自治体ごとの提出方法を分け、保存と届出完了の違い、差戻し対応まで確認できます。

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5. 税金と費用を両方の法人で試算したか

MS法人への委託料を払えば必ず節税できる、とは言えません。会社側の利益や税負担、設立・維持費、社会保険、消費税も含めて比較が必要です。

たとえば社会保険診療は非課税取引に当たり、そのための課税仕入れに係る消費税は原則として仕入税額控除ができません。実際の課税売上割合などで取扱いが異なるため、両者の取引を税理士と試算してください。参考:国税庁・非課税と免税の違い

医療法人側の設立・変更・毎年の報告もあわせて検討する方は、総合ガイドで関連する手続きを確認できます。

医療法人の総合ガイド|設立・運営変更・承継の手続きを整理

医療法人の設立、運営上の変更、毎年の報告、承継・解散の全体像を解説。全国共通の制度と自治体ごとの申請実務を分け、診療所・病院・MS法人・薬局等との違いや、必要な準備・確認先を案内します。

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相談前に用意するとよいメモ

  • 診療所の所在地と、現在の開設者(個人または医療法人)
  • 新会社に任せたい具体的な仕事と、その仕事を担当する人
  • 医療法人と会社、それぞれの役員候補や兼務予定
  • 月々の作業量、委託料・賃料の見積り、比較資料
  • 扱う商品の種類、患者情報を取り扱う予定の有無
  • 既存の賃貸借契約書、定款、会社・医療法人の登記事項証明書など

サクセスファン行政書士事務所へのご相談では、現在の診療所の形と、新しい会社に担わせたい仕事をお知らせください。会社設立や必要な行政手続きの整理から、相談先を確認できます。税金は税理士、登記申請の代理は司法書士等、個別の契約や利益相反の法的判断は弁護士など、必要に応じて専門家と連携して検討しましょう。

現在の体制と、会社に任せたい具体的な仕事を添えてご相談ください。対応範囲と費用をご確認いただいたうえで進めます。

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確認日:2026年11月3日。制度や運用は変更されることがあるため、実施前に所管庁や専門家へ最新の扱いを確認してください。